Pavijonit të mesjetës i janë lënë dy salla në katin e dytë të Muzeut. Larmia e objekteve të ekspozuara synon të ofrojë një panoramë gjithëpërfshirëse të kulturës materiale, që u formua në territorin e Shqipërisë dhe ftojnë vizitorin në një intenerar historik, duke ndjekur kronologjinë e ngjarjeve kryesore, që zunë vend në territorin tonë, për një periudhë që shkrihet nga Antikiteti i Vonë e deri tek periudha bizantine dhe ajo osmane. Si rrjedhojë, objektet më përfaqësuese të këtyre epokave janë përfshirë në pavijon, me një interpretim të shkurtër, që integron dhe kontekstin historik, produkt i të cilit janë.
Shekujt XII-XIV, përbëjnë periudhën më themelore të historisë shqiptare dhe gjatë kësaj periudhe territori ynë merr një rëndësi të veçantë, siç dëshmohet dhe në thesarin me monedha bizantine, të zbuluar në Kuçovë. Në një këndvështrim lokal gjatë kësaj periudhe mbruhen dhe marrin formë formacionet e para shtetërore si Principata e Arbërit (shek. XII), ai i Karl Topisë (1359-1388), etj., kufijtë e të cilave, ndonëse konvencialë e të lëvizshëm përbëjnë skenën historike ku do të zhvillohen ngjarjet e kohës. Objekt i veçantë në pavijon është Epitafi i Gllavenicës, i cili daton në vitin 1373. Një kënd të veçantë në pavijon zënë pashallëqet shqiptare: Pashallëku i Shkodrës në veri, me Bushatllinjtë në krye dhe Pashallëku i Janinës në jug, me Ali Pashë Tepelenën në krye. Në vitrina janë ekspozuar armë origjinale të prodhuara në mënyrë artizanale.