Pavijoni i ikonave pasbizantine është ngritur në vitin 1999, në bashkëpunim me Institutin e Monumenteve të Kulturës. Në mjediset e këtij pavijoni janë ekspozuar rreth 70 ikona pasbizantine, një proskinitar, dyer të bukura dhe një ikonostas. Objektet përfshijnë një hark kohor që fillon nga shekulli XVI e vazhdon deri në fillim të shekullit XIX, që njihet si periudha e artit pasbizantin. Në pavijon ka ikona të ikonografëve: Onufri, Onufër Qiprioti, David Selenica, Kostandin Shpataraku, Kostandin Jeromonaku, Joan Athanasi vëllezërit Zografi, vëllezërit Çetiri, anonimë dhe Mihal Anagnosti.
Pavijoni i ikonave pasbizantine në Muzeun Historik Kombëtar është ndarë në dy pjesë. Në pjesën e parë trajtohen ikonat pasbizantine, ndërsa në pjesën e dytë, objektet liturgjike kishtare prej ari dhe argjendi. Në shekujt XVI-XVII, arti pasbizantin në Shqipëri pati një periudhë të shkëlqyer. Ai mund të quhet shekulli i Onufrit. Në pavijonin e ikonave pasbizantine në Muzeun Historik Kombëtar është ekspozuar një ikonë e Onufrit: “Hyrja e Shën Mërisë në tempull”. Onufri konsiderohet si themelues i ateliesë së Beratit. Në atelie bënin pjesë edhe dy pasuesit e tij, Nikolla Onufri (i biri) dhe Onufër Qiprioti. Disa nga ikonografët, që ushtruan veprimtarinë e tyre gjatë shekullit XVIII qenë Konstandin Shpataraku, Kostandin Jeromonaku, Joan Athanasi, vëllezërit Çetiri, vëllezërit Zografi dhe David Selenica.
Në pavijon janë ekspozuar ikona të mjaft piktorëve anonimë të shek. XVII-XVIII. Ikonografi i fundit që e mbyll këtë periudhë të shkëlqyer të artit pasbizantin në Shqipëri është Mihal Anagnosti.
Në pavijonin e ikonave pasbizantine në Muzeun Historik Kombëtar ka edhe mjaft objekte liturgjike, si kryqe, mbulesa ikonash, kapakë ungjilli etj. Janë objekte prej ari dhe argjendi. Ato janë punuar nga argjendarët vendas. Nga mbishkrimet e skalitura mbi to, vërtetohet se i përkasin shek. XVII-XVIII.