Deux salles au premier étage du Musée sont destinées au département du Moyen-âge. La variété des pièces exposées vise à offrir un panorama complet de la culture matérielle qui s’est constituée sur le territoire de l’Albanie et invite le visiteur sur un itinéraire historique en suivant la chronologie des événements principaux survenus sur notre territoire au cours d’une période qui s’étend entre l’Antiquité tardive et la période byzantine et celle ottomane. C’est pour cette raison que les objets les plus représentatifs de ces époques sont exposés dans ce département, accompagnés d’une brève interprétation intégrant également le contexte historique dont ils sont les produits.
Les XIIe-XIVe siècles constituent la période la plus déterminante de l’histoire albanaise ; notre territoire acquiert, au cours de cette période, une importance particulière, comme en témoigne également le trésor des monnaies byzantines, découvert à Kuçova. D’un point de vue local, c’est durant cette période que sont nées et façonnées les premières formations étatiques, telles que la Principauté d’Arbri (XIIe siècle), celle de Charles (Karl) Topia (1359-1388), etc., dont les frontières, bien que conventionnelles et instables, constituent la scène historique sur laquelle se dérouleront les événements de l’époque. L’Épitaphe de Gllavenica, datant de 1373, est un objet spécial de ce département. Une vitrine spéciale du département est dédiée aux pachaliks albanais : le Pachalik de Shkodra, au nord, dirigé par les Bushati, et le Pachalik de Janina, au sud, avec Ali Pacha de Tepelena à la tête. Des armes originales, fabriquées de manière artisanale, sont exposées dans ces vitrines.