Le département des icônes post-byzantines a été fondé en 1999, en coopération avec l’Institut des Monuments culturels. Les locaux de ce département exposent environ 70 icônes post-byzantines, un « proskynétarion », de belles portes et une iconostase. Les objets appartiennent à une période s’étendant du XVIe siècle au début du XIXe siècle, connue comme la période de l’art post-byzantin. Des icônes des iconographes : Onufri, Onufre le Chypriote (Qiprioti), David Selenica, Kostandin Shpataraku, Kostandin Jeromonaku, Joan Athanasi, les frères Zografi, les frères Çetiri, des anonymes et Mihal Anagnosti sont exposées dans ce département.
Le Département des icônes post-byzantines au Musée National d’Histoire est divisé en deux parties. La première partie est consacrée aux icônes post-byzantines, et la deuxième partie aux objets liturgiques, ecclésiastiques en or et argent. Aux XVIe-XVIIe siècles, l’art post-byzantin en Albanie a connu une période splendide. On peut bien l’appeler le siècle d’Onufri. Le département des icônes post-byzantines au Musée National d’Histoire expose une icône d’Onufri : « L’entrée de la Sainte Vierge au temple ». Onufri est considéré comme le fondateur de l’atelier de Berat. C’est de cet atelier que faisaient partie aussi ses deux successeurs, Nikolla Onufri (son fils) et Onufre le Chypriote. Parmi les iconographes qui ont exercé leur activité au cours du XVIIIe siècle, on peut citer Constantin Shpataraku, Constantin Jeromonaku, Joan Athanasi, les frères Çetiri, les frères Zografi et David Selenica.
Des icônes de plusieurs peintres anonymes des XVIIe-XVIIIe siècles sont également exposées dans ce département. Mihal Anagnosti est le dernier iconographe qui clôt cette brillante période de l’art post-byzantin en Albanie.
Le département des icônes post-byzantines au Musée National d’Histoire met aussi en valeur de nombreux objets liturgiques, notamment des croix, des couvertures d’icônes, des couvertures d’évangile, etc. Ce sont des objets en or et en argent. Ils sont travaillés par des orfèvres locaux. Les inscriptions qui y sont gravées les situent aux XVIIe-XVIIIe siècles.